Настали страшные времена, когда конец света близок как никогда. Мир на пороге гибели из-за появления Теневого лабиринта, который постепенно поглощает земли. Теневой лабиринт — это множество миров, идентичных реальности, но в них какое-то ключевое событие пошло не так, приведя к трагедии. В определённый момент один из этих параллельных миров открывается, и смельчаки из реальности должны войти туда и выполнить задание, чтобы исправить ход событий. Если квест выполнен, то участники получают всякие

Спустя два года после событий, описанных в «Final Fantasy VII», мир только начинает восстанавливаться и прокладывать себе дорогу к новому будущему. Однако появились и новые угрозы: болезнь Геостигма и три загадочных человека, которые, по-видимому, разыскивают Дженову. Клауд и его друзья из оригинальной игры должны объединить свои силы еще раз, чтобы противостоять новой опасности.

Начало промышленной революции, феодальная Япония в смятении. Правящий сёгун прибегает к жёстким мерам, чтобы внушить страх врагам и показать им, кто главный. Побои, тюремные заключения, изнасилования и даже убийства — его излюбленная тактика. Кто-то должен положить конец этому кровопролитию. Выразителем революционных настроений становятся несколько самураев, которые собрались в группу. Теперь, когда появилось новое оружие и развитые технологии, у них есть не только желание, но и возможность

Освободившись от своих обязанностей с 501-ым секретным отделом, Мотоко Кусанаги теперь должна выполнять приказы Дайсукэ Арамаки. Кто-то взломал искусственный интеллект Логикомы и Бато начинает собирать команду. Он заручается поддержкой бывшего армейского офицера разведки Исикавы и специалиста по взрывчатке и подрывному делу Бомы. Кусанаги также стремится привлечь к этому расследованию снайпера Сайто и тайного агента Падзу. Девятый отдел разворачивает очередную операцию.

У Одзи Танаки есть жена, ребёнок и нудная офисная работа. Но его жизнь не всегда была такой скучной: пятнадцать лет назад он был известен как Габриэль, лидер недолго жившей хэви-метал-группы «Black Heaven» (англ. «Чёрные Небеса»). Жизнь Одзи резко меняется, когда загадочная блондинка по имени Лейла предлагает ему снова взять в руки старую Gibson Flying V и продемонстрировать свои «легендарные навыки» игры на гитаре. Одзи принимает приглашение, не подозревая, что его музыка генерирует энергию