Прошло 2 года с того дня, как Мотоко Кусанаги ушла из 9-го отдела. Новым лидером стал Тогуса, расширив штат отдела до 20 оперативных работников. Обновленный состав сталкивается с серией странных случаев, которые выводят их на высококлассного хакера под ником «Кукольник». В разгар расследования Бато сталкивается с Мотоко. Уходя, она говорит лишь держаться подальше от Solid State Society — общества, обеспечивающее стабильность государства. Бато остается лишь гадать, может Мотоко и есть Кукольник?

Как-то днем, обрадовавшись первому снегу, Такаши Нацумэ в одиночестве отправился прогуляться по улицам города и не заметил, как стемнело. Он уже достаточно далеко ушел от дома, чтобы забеспокоиться: неизвестно, что за ёкай может встретиться на пути обладателю «Тетради дружбы»...

История случилась в нынешнее время в обыкновенном городке прекрасной Японии незадолго до начала летних каникул для школьников. Так уж сложилось, что юноша по имени Мамору имеет застенчивый и скромный характер, он интроверт, имеющий множество интересных для него занятий, среди которых изучения книг по военной истории, но, к сожалению, главный герой боится показать себя настоящего окружающему его миру. Да и забыть прекрасную девушку, подругу детства Айю он не может. Все не так хорошо, как должно

Расширенная версия первой серии второго сезона.